在明治的新京都，佩戴著［許可證］的妖怪也在四下飛奔，在得到由官方發放的許可證后，可以和人類一起生活。其中，有一個專門逮捕沒有得到許可證的妖怪人，以此來捍衛京都的治安的集團在奮斗著。他的名字就是株式會社新撰組。另一方面，時代巨變下雜亂無章的京都中，和伙伴妖怪貓丸一起剛從上海回來的少年出現了。他名叫坂本龍之介，而他將馬上回到上海。      ...