進入了明治時代，曾經的“劊子手拔刀齋”緋村劍心（佐藤健飾）已經習慣了神谷道場的安寧生活。誰知就在這一天，倒幕戰爭時的舊友——號稱維新三杰之一的大久保利通（宮澤和史飾）將其請去。原來繼承了劍心劊子手身份的志志雄真實（藤原龍也飾）當年被新政府背叛，僥幸活下來的志志雄正秘密籌措稱霸日本的可怕計劃。大久保死后，深感背負不可推卸責任的劍心只身上路，在途中不僅偶遇京都女忍卷町操（土屋太鳳飾），還在新月村和志志...

為了救神谷薰（武井咲飾），緋村劍心（佐藤健飾）縱身躍入大海，昏迷中他飄到某座小島，最終為傳授了他飛天御劍流的師父比古清十郎（福山雅治飾）所救。深感到自身與志志雄真實（藤原龍也飾）的巨大差距，為了拯救全日本，劍心懇請師傅傳授他飛天御劍流的最高奧義。與此同時，志志雄劍指東京，邁出武力奪國的下一步。他強迫伊藤博文（小澤征悅飾）對劊子手拔刀齋發布全國通緝令，得知消息的薰、左之助（青木崇高飾）則匆匆向東京趕...