《惡老板2》的故事緊接著第一集，Nick,Dale和Kurt這三個難兄難弟決定自己當老板，但是再次被狡猾的投資人欺騙。眼看著合同成了一紙空文，三人迫不得已決定綁架投資人的兒子，以重新奪回對公司的控制權……...

廣袤而炎熱的非洲大草原上，藍色的小鷹阿凱（杰瑞米·蘇雷斯JeremySuarez配音）在天空中自由翱翔，他從父親（塞繆爾·杰克遜SamuelL.Jackson配音）那里接受了嚴格的訓練，如今羽翼已豐的小家伙渴望成為一個超越父親的飛行高手。阿凱對貧瘠的卡吐姆峽谷感到厭倦，也不愿意畢生成為只為了生計奔波的蜥蜴獵手，他渴望一場驚險刺激的冒險。這一天，疲勞的鞍嘴鸛果果帶著幾只剛剛破殼的綠頭金織鳥路過阿凱的...

在發現媽媽與新男友去哥倫比亞度假后音訊全無，瓊恩試圖向政府單位求救卻處處受阻。遠在幾千公里外的洛杉磯，獨自一人在家的瓊恩，決定運用最新的網路科技來搜尋她媽媽的下落。只不過當她拼湊眾多線索后，卻發現衍生的疑問越來越多，媽媽的秘密也漸漸浮上臺面……...

小狗阿憨來到陌生的貓之國度，尋找對他有救命之恩的劍客高手，想要拜他為師。不想在這貓領地，狗是最不受歡迎的，就在阿憨要被無辜處決時，貓領主伊卡丘卻選他做新一任小鎮治安官。不知情的阿憨滿懷希望前去就任，卻被痛恨狗的貓居民們群起而攻之。機緣巧合下，阿憨遇到了曾經叱咤一時的劍客高手金寶，發現金寶正是曾經救他的俠士。意識到自己能力不濟的阿憨懇求身懷絕技的金寶訓練他，而金寶也勉強同意收阿憨為弟子。金寶教會了阿...

中世紀一個聚集著精靈的小山村，正義的魔法師卡爾多夫（吉姆·庫寧斯JimCummings配音）驅逐了邪惡而法術高強的女巫德里澤達（薇姬·劉易斯VickiLewis配音）。德里澤達無法匹敵，恨恨逃走，而她那不諳世事、單純善良的侄女雅典娜（凱莉·斯泰堡絲KellyStables配音）則獲準留了下來。在此期間，雅典娜還收養了小貓湯姆和老鼠杰瑞。雅典娜敏感的身份以及經常惹禍的貓和老鼠，讓女孩一直遭受精靈們的...