漆黑的夜晚，一名間諜悄然潛入日本警方某機(jī)構(gòu)，盜走了記載著各國(guó)諜報(bào)機(jī)構(gòu)重要數(shù)據(jù)的絕密文件的絕密數(shù)據(jù)。日本警方和FBI探員赤井秀一（池田秀一配音）旋即與間諜展開(kāi)追逐。最后，逃亡者的車(chē)輛墜落懸崖。第二天，柯南（高山南配音）和伙伴們來(lái)到東都水族館觀光，結(jié)果發(fā)現(xiàn)一名受傷的美麗女子（天海佑希配音）。該女子處于失憶狀態(tài)，身上的手機(jī)也破損無(wú)法使用。柯南等人答應(yīng)要幫她恢復(fù)記憶，當(dāng)他們七嘴八舌之際，藏在暗處的黑衣組織...