為了對抗突然出現(xiàn)的人類之敵「涅洛伊」，世界各國組成了聯(lián)合軍。但能夠與他們對抗的，僅有具備特殊魔力的少女們而已……。由聯(lián)合軍主導(dǎo)的柏林奪還作戰(zhàn)終于啟動，再次成軍的第501統(tǒng)合戰(zhàn)斗航空團「強襲魔女」，在新的501成員「服部靜夏」加入后，與涅洛伊的殊死戰(zhàn)斗逐漸擴大化！究竟柏林的天空能否得到解放！？...

在參拜母親墳?zāi)沟幕爻掏局校嫠茫ňw方惠美配音）和葛城美里（三石琴乃配音）遭遇了第七使徒的攻擊，關(guān)鍵時刻2號機勢如破竹挫敗對手，真嗣也由此結(jié)識了2號機的操縱者式波·明日香·蘭格蕾（宮村優(yōu)子配音）。與沉默寡言的綾波麗（林原惠美配音）不同，明日香自信張揚，甚至有些自大，在和真嗣相處的日子里，彼此鬧出不少的笑話。他們?nèi)朔謩e駕駛著零號機、初號機和2號機，抵抗了第八使徒猛烈的攻擊，在這一過程中，淡淡的情愫悄...